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衔接上季。忍者们离开神秘岛,但妮娅的水系元素突然失去了控制,在寻找问题之时,突然收到来自海底的一个能量波,于是闯入了水下五千英寻的无尽大海神殿,里面生活着许多海怪(莫罗匹恩人),他们被一个叫特里玛的章鱼怪领导着,然而他的儿子卡尔玛却内心邪恶,他决定用两个护身符(风暴护身符和海浪护身符)来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”,来造出惊人的破坏力。卡尔玛为了实现计划,害死了他的爸爸并嫁祸忍者,后得到两个护身符,唤醒了沃杰拉,水淹忍者城。忍者城居民的处境十分危险。本多玛击碎卡尔玛的权杖,卡尔玛失去对沃杰拉的控制,被沃杰拉吞食。妮雅为了击败沃杰拉,不顾自身与海洋融为了一体,最终打败了沃杰拉,妮雅将海水带出忍者城,自己也留在了海水中。